延续前一集的剧情，为了能离开马达加斯加岛回到纽约，对一架破旧的失事飞机飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子见到了它的父母。但由于生活习性上太多不一样，使得这群动物们显得格格不入。为了融入环境，大家施展各种招式，笑料百出。