在打败了长久以来的劲敌、终极反派史莱德之后，神龟们也开始面对“成长的烦恼”了，他们不再一起战斗，而是开始专注于自己喜欢的领域，成了四个形单影只的“独行侠”。这种情况让他们的恩师斯普林特异常担心，对于他来说，最重要的就是和四个情同儿子的家人待在一起。尤其是最近纽约市出现了一系列无法解释的古怪事...